Il ne subsiste que quelques pièces de cette justice en sous série 21 B.
Les archives juridictionnelles de la Mairie de Phaffans sont conservées dans le fonds de la seigneurie de Masevaux, qui comprend aussi celui de la seigneurie de Rougemont, qui était l'une des 3 entités dont dépendait la justice de Phaffans (avec le comté de Belfort - Grande Mairie d'Assise et la seigneurie de Roppe).